Si bien la elaboración de presupuestos trae muchas ventajas, al ser una herramienta que permite plasmar los resultados de los objetivos y estrategias de la compañía, cuenta con importantes limitaciones como lo son:
Al estar basados en estimaciones, obliga a que la administración trate de utilizar determinadas herramientas estadísticas para lograr que la incertidumbre se reduzca, ya que el éxito del presupuesto depende de la confiabilidad de los datos que no sean correctos.
Debe ser adaptado constantemente a los cambios relevantes que surjan, esto significa que debe ser una herramienta dinámica, ya que si surge algún inconveniente que lo afecte debe ser ajustado para que no pierda su objetivo.
Su ejecución no es automática. Es necesario que las personas que integran la organización comprendan la utilidad de la herramienta, de tal forma que todos los integrantes identifiquen que son los primeros beneficiados por el uso del presupuesto, ya que de otra forma serán infructuosos todos los esfuerzos para llevarlo a cabo.
Es un instrumento que no debe tomar el lugar de la administración. Uno de los problemas más graves que genera el fracaso de las herramientas administrativas es creer que por sí solas pueden llevar al éxito empresarial. El presupuesto es una herramienta que sirve a la administración, no que compite con ella.
Si se quiere incrementar la fiabilidad de las cifras, hace falta de un importante tiempo de planeación, lo cual representa una limitación en caso de que sea un proyecto que requiere premura.
El presupuesto no es una herramienta dependiente, sino que requiere del uso de tecnología y mucha información para la toma de decisiones, entre mayor información se tenga, mejor y más precisa será su elaboración.
Para el caso organizacional, existen escenarios donde el presupuesto presenta disonancias entre distintas áreas, por lo cual se debe contar con simetría de información interempresarial para coordinar la planeación del mismo.
Los limitantes se maximizan cuando existen errores en la elaboración del presupuesto, y los principales radican en la ausencia de una fase de planeación y preparación, problemas al pronosticar ingresos operacionales, desconocer condiciones de inductores de valor y no contar con mecanismos para el control presupuestal.