Si bien el sistema de salud colombiano ha tenido un avance en los últimos años, especialmente en términos de disminución del gasto de bolsillo de los pacientes y aseguramiento universal, con una cobertura de 99,6%; también existen limitaciones en el acceso a los servicios en algunas zonas del país, hay deficiencias de infraestructura física y tecnológica, escasez de médicos y personal de enfermería, entre otros problemas que afectan a las instituciones que conforman el sistema y a los usuarios.
Además, una de las líneas rojas del sistema de salud desde su existencia ha sido la sostenibilidad financiera, aunque en los últimos años se ha incrementado la cantidad de recursos entregados por el Estado para la atención de la salud de los colombianos, estos han resultado insuficientes ante la mayor demanda de cuidado médico, ocasionada por el aumento de la población y la morbilidad; el ingreso de nuevas tecnologías y el alza de los costos de prestación de los servicios.
Ante las dificultades con los recursos, los diferentes gobiernos que han liderado al país han ideado diferentes estrategias para contener esta problemática, la más reciente de ellas fue el Acuerdo de Punto Final que busca sanear las deudas de los actores; sin embargo, aún no se ha concebido una solución definitiva para garantizar la sostenibilidad financiera del sistema, ni siquiera en el corto plazo, muestra de ello es que cada año el sistema enfrenta déficits estructurales de presupuesto hasta por 4 billones de pesos (Antes de Reformar la Salud, Hay que Pagar sus Deudas (Video y Podcast)).
Al analizar la propuesta de Reforma a la Salud presentada por el gobierno y sus diferentes borradores, posteriores a la negociación con los partidos políticos del país, se encuentra que esta tampoco da solución al problema de la sostenibilidad financiera del sistema, al contrario, puede llegar a agravarlo.
Al respecto, algunos críticos del proyecto de ley, han llegado a señalar que la imposición de la Administradora de los Recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud (ADRES) como pagador único generaría más dificultades en el flujo de fondos, ya que no cuenta con la capacidad administrativa para asumir tal tarea, esto mismo sucedería con los fondos regionales que se crearían de la ADRES, los cuales aumentarían la burocracia dentro del sistema e incrementarían el riesgo de corrupción y despilfarro de dineros públicos.
Por otra parte, una de las críticas más fuertes al proyecto de ley del gobierno es que este no contempla nuevas fuentes de financiación, además de las existentes en el actual sistema, con estos mismos recursos se piensa dar solución a problemas de vieja data como el saneamiento de los hospitales públicos que serían denominados Instituciones de Salud del Estado y el fortalecimiento de la infraestructura y dotación hospitalaria, entre otros (Art. 71); aunque desde el Ministerio de Salud, se plantea que muchos de los recursos necesarios para implementar la reforma ya estaban asignados, distintos actores opinan que si van a existir nuevos usos y funciones, también se deberían tener nuevas fuentes de financiación.