Desde 1999 hasta la actualidad, la Superintendencia Nacional de Salud ha ordenado la liquidación forzosa de 118 EPS. De estas, el 57,6% correspondían a Administradoras del Régimen Subsidiado (ARS), el 16,9% a EPS del Régimen Subsidiado, el 11% al Régimen Contributivo y el 14,4% a entidades que operaban en ambos regímenes.
Muchas ARS fueron creadas por municipios o departamentos para atender a la población subsidiada, pero salieron del sistema debido a la incapacidad de los entes territoriales para mantenerlas, especialmente en las primeras décadas del modelo de aseguramiento. Entre 1999 y 2012, se liquidaron forzosamente 98 EPS en Colombia: el 69,4% operaban como ARS, el 18,4% eran EPS del Régimen Subsidiado, el 8,2% pertenecían al Régimen Contributivo y el 3,1% operaban en ambos regímenes.
Aunque el ritmo de las liquidaciones forzosas disminuyó, durante la segunda década de los 2000 comenzaron a cerrarse EPS de gran relevancia en el país. Esto generó grandes desafíos para las demás EPS, que tuvieron dificultades para absorber y atender a los afiliados de las entidades liquidadas. Entre 2013 y 2023 se liquidaron 20 EPS, incluyendo algunas con un alto número de afiliados, como SaludCoop, Cafesalud, Coomeva y Medimás.
Actualmente, hay 9 EPS intervenidas por la Supersalud, aunque no se han ordenado nuevas liquidaciones. Incluso EPS como Sura y Compensar han solicitado voluntariamente salir del sistema y la Supersalud ha denegado sus solicitudes. La crisis financiera del sector ha dejado a las demás EPS sin capacidad para recibir nuevos afiliados, lo que agrava la situación del sistema de salud.
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