La Nueva EPS, actualmente bajo intervención, tendrá la mayoría accionaria por parte del Estado al presentarse una cesión de acciones correspondientes a las cajas de compensación, quiénes son sus otros socios. El cambio daría pie a una capitalización de recursos y estaría acompañado del cambio de interventora.
Por su parte, la entidad ha comenzado el proceso de auditoría y depuración de cuentas médicas más grande de su historia, el cual cubrirá más de 14,5 millones de facturas por un valor superior a los $15 billones de pesos. Esta acción responde a los hallazgos reportados por entes de control y denuncias sobre un presunto ocultamiento de facturas y desorden contable que afectaron la realidad financiera de la entidad.
Este proceso de depuración se articula con una auditoría forense integral que ya está en curso, la cual examina exhaustivamente el periodo entre 2019 y el primer semestre de 2025 para investigar posibles irregularidades en contratación, pagos y control interno. Para la auditoría masiva de los $15 billones, la EPS seleccionó a tres firmas: American KPO, ACS Aciel Colombia Soluciones Integrales S.A.S., y Sosalud S.A.S.
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